恢复劳动关系与经济补偿金的关系，可依据《劳动合同法》的相关规定明确法律依据。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条：“用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。” 若单位违法解除，员工选择恢复劳动关系，则劳动关系视为存续，单位无需支付经济补偿金（经济补偿金以劳动合同解除为前提）；若员工选择不恢复，则单位需支付赔偿金（二倍经济补偿金）。

医疗补助费的支付依据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第六条：“劳动者患病或者非因工负伤，经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作、也不能从事用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单位应按其在本单位的工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百。” 可见医疗补助费与经济补偿金常伴随“合法解除劳动合同”同时支付，而恢复劳动关系（针对违法解除）则排除经济补偿金的适用，但不影响符合条件的医疗补助费支付。
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以下特殊情况会影响三者关系的处理，需特别注意：
1. 单位自愿支付医疗补助费且不解除劳动合同：根据《解答内容》中的特殊情况，若单位出于人道主义或其他原因，在未解除劳动合同的情况下自愿支付医疗补助费，则此时医疗补助费与恢复劳动关系、经济补偿金均无关联（劳动关系存续，无解除行为则无经济补偿金，恢复劳动关系也无必要）。
2. 劳动合同已不能继续履行：若单位违法解除后，原岗位已被撤销或公司经营状况变化导致无法安排原工作，即使员工主张恢复劳动关系，仲裁委或法院也可能认定“劳动合同不能继续履行”，转而判决单位支付赔偿金（二倍经济补偿金），此时无法恢复劳动关系，但医疗补助费仍需按规定支付（若符合条件）。
3. 员工主动提出解除劳动合同：若员工因医疗期满后单位未安排合适工作，主动提出解除劳动合同，则单位需支付经济补偿金，但医疗补助费的支付需结合是否经劳动鉴定委员会确认“不能工作”，若未鉴定，可能无法主张医疗补助费（区别于单位主动解除的情形）。
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关于恢复劳动关系、经济补偿金与医疗补助费的关系，需结合具体情形分析。
三者存在关联但适用场景不同，核心取决于劳动合同是否解除。

1. 若医疗期满后员工仍无法工作，单位解除劳动合同：此时需支付经济补偿金，若符合《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》（劳部发〔1994〕481号）第六条规定的“患重病或绝症”情形，还需额外支付医疗补助费，恢复劳动关系不适用（因合同已合法解除）。
2. 若单位违法解除劳动合同，员工主张恢复劳动关系：此时无需支付经济补偿金（因劳动关系恢复，未实际解除），但医疗补助费需视是否符合支付条件（如医疗期满后仍需治疗），若符合则单位仍需支付。
3. 若单位未解除劳动合同，自愿支付医疗补助费：此时与恢复劳动关系、经济补偿金均无直接关联（劳动关系存续，无解除行为则无经济补偿金）。
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处理三者关系时，需警惕以下法律风险：
1. 诉讼时效风险：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。例如：单位2023年1月违法解除劳动合同，员工2024年3月才申请仲裁主张恢复劳动关系，已超过时效，仲裁委可能驳回申请，员工只能自行承担损失。
2. 证据缺失风险：若员工无法提供医疗期满的诊断证明或劳动能力鉴定结论，主张医疗补助费时可能因“无法证明不能工作”被单位抗辩。例如：员工因重病医疗期满后，单位解除合同但未支付医疗补助费，员工起诉时仅提供病历却无劳动能力鉴定报告，法院可能不支持医疗补助费的诉求。

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